الجرثومة في اللغة: الأصل، وتستخدم كلمة الجراثيم في الاصطلاح العلمي العربي ضمن مفهومين :
جراثيم بمعنى أبواغ spores : وهي خلايا ناتجة من تحول الضروف الملائمة للكائن الحي الدقيق إلى ضروف غير ملائمة .وتوجد في البكتيريا bacteria والفطريات fungi وبعض الكائنات الأخرى الدقيقة
أو بشكل اعم يقال : جراثيم بشكل مكافيء للكائنات الدقيقة Microorganism أو Germs أو ميكروب فهي بهذا تشمل جميع الأحياء الدقيقة وحيدة الخلية بما فيها الفيروسات و البكتريا و الفطريات . وهي مجموعة لا تتشارك لا بالصفات و لا بالخصائص الحيوية لذا لا يمكن اعتبارها مجموعة متجانسة بأي حال و استخدام كلمة جراثيم للتعبير عنها يتم تجاوزا ، وفي الكثير من الأحيان يفضل استخدام مصطلح أحياء دقيقة أو ميكروب .
يتعلق مصطلح Germ أيضا بعملية الإنتاش و الخلايا الجنسية Germ cell . و تكون Germinal إنتاشي أو متعلق بالخلايا الجنسية .